primer5의 프라이머 디자인 결과 보는 방법

프라이머 매개변수를 통해 프라이머 디자인 매개변수를 감지합니다. 프라이머 길이는 일반적으로 약 20bp이며, 업스트림 및 다운스트림 프라이머의 염기 길이는 4개 염기 이상 차이가 나지 않아야 합니다.

b 프라이머 어닐링 온도는 일반적으로 58도입니다. 다른 소프트웨어 TM은 다른 알고리즘을 사용합니다. Primer3, Primer5, Primer6, Primerexpress 등은 일반적으로 55-58도로 설정할 수 있으며 Beacondesign은 약 58도로 설정할 수 있습니다. 65.

일반적으로 cGC 함량에 대한 특별한 요구 사항은 없습니다. 디자인하기 쉽지 않으면 30-80도 허용됩니다.

d 산물의 길이는 100-150, 80-200도 허용되나 50bp 내외는 안되므로 프라이머-다이머와 구별이 어려우며 200bp를 초과하면 PCR에 영향을 줄 수 있습니다. 확대.

e 소프트웨어에서 제공하는 프라이머는 헤어핀 구조를 가질 수 없으며 3-4개 이상의 염기가 일치할 수 없으며, 특히 3' 말단은 염기 일치가 불가능하므로 이량체를 형성하기가 더 쉽습니다.

f 프라이머를 디자인한 후 NCBI에서 프라이머-블라스트를 하여 비특이적 증폭 여부를 검출합니다.

정량 PCR 프라이머 a의 융해 곡선이 단일 피크로 좁고 날카로운 경우에는 실험을 통해 확인하는 것이 가장 좋으며, 그렇지 않으면 비특이적 증폭이 있을 수 있습니다.